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UMS BBEES

Historique

L’important développement des bases de données constitue un véritable défi à la recherche pour les années à venir. La création de l’UMS 3468 « Bases de données Biodiversité, Ecologie, Environnements Sociétés (BBEES) », souhaitée par l’Institut Ecologie et Environnement (InEE) du CNRS et le Muséum national d’Histoire naturelle et actée le 1er septembre 2011, a pour objectif de structurer et d’optimiser le travail autour des bases de données de recherche sur la Biodiversité naturelle et culturelle, actuelle et passé.

Les discussions autour de cette question ont été initiées par le CNRS en 2010, en réponse aux résultats d’une enquête adressée à l’ensemble des instituts sur le thème « Etude de cas sur les systèmes de données numériques de recherche » (Ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, 2009). Une deuxième enquête réalisée au sein même de l’InEE en 2010 a ainsi mené aux constats suivants : (i) aucun inventaire exhaustif n’existait concernant les bases de données présentes dans les laboratoires de l’InEE, sachant que les UMR du Muséum travaillant sur les questions de Biodiversité sont toutes rattachées à cet institut ; (ii) de plus en plus de projets, type ANR par exemple, mentionnent la constitution de bases et corpus de données, sans que l’on connaisse le devenir de ceux-ci une fois le projet achevé ; (iii) la majorité des bases ainsi développées apparaissent difficilement interopérables, y compris au sein d’une même thématique scientifique (problème d’organisation des données, absence de référentiels, etc.) ; (iv), le nombre croissant de demande de personnel ITA en lien avec ces questions par les unités de recherche, et dans le même temps, (v) l’isolement des ITA recrutés dans ces domaines, voyant souvent la part de leur activité « Bases de données » diminuer au profit d’un rôle d’informaticien à tout faire dans les unités.

Plusieurs actions ont alors été envisagées :
- Recensement des Bases de données présentes dans les laboratoires de l’InEE, mais aussi au sein des projets portés par l’InEE (Observatoires Hommes-Milieux - OHM, Zones Ateliers - ZA, Stations d’Ecologie expérimentale – ReNSEE, et Ecotrons) ;
- Mise en place d’un site Web, avec interface grand public, permettant s’assurer une meilleure visibilité de ces bases ;
- Aide à la conception, à la réalisation, au maintien et aux évolutions des Bases de données :

  • Par l’intervention de personnes compétentes externes à l’unité, intervenant pour des périodes courtes en réponse à une problématique particulière ;
  • Par une réponse à l’isolement des personnes ressources à l’intérieur des unités, avec la création d’un réseau métier dédié ;
  • Favoriser l’interopérabilité des bases, posant ainsi le problème des standards, des référentiels, mais aussi des ontologies concertées ;
  • Prévoir des solutions pour le devenir à long terme de ces bases, incluant le problème de la mise à disposition des données (patrimonialisation des corpus), de la possibilité de croiser les données issues de différentes Bases de données (interopérabilité), ou encore du suivi du stockage et de l’archivage des données en fonction de l’évolution des technologies (pérennisation) ;
  • Création d’outils permettant l’analyse des données des différentes bases (modélisation, calcul, etc.).

Description

L’UMS BBEES constitue un soutien technique et scientifique, auprès des unités et des chercheurs du Muséum et du CNRS (notamment à l’InEE), souhaitant structurer, pérenniser ou mutualiser leur travail. Ses interventions se traduisent par des conseils ou une intervention au sein de l’unité, de quelques jours ou quelques mois pour relancer, restructurer une base de données.

Elle bénéficie de l’environnement en place au Muséum (Service du Patrimoine Naturel, Inventaire national du Patrimoine naturel, collections patrimoniales, Pôle recherche de la DSI, etc.). Cette structure n’a pas vocation à administrer les bases de données, qui restent sous la responsabilité des équipes qui les produisent, ni à leur fournir un hébergement, qui peut être la DSI du Muséum ou toute autre structure appropriée. Toutefois, elle peut apporter des conseils sur ces points.

Afin de faciliter l’insertion des bases de données dans des dispositifs nationaux et internationaux, l’UMS BBEES propose un certain nombre de recommandations sur, par exemple :
- la constitution des corpus et le traitement des données ;
- le choix des outils ;
- la structuration des données ;
- les métadonnées.

Ces recommandations étant en lien avec les standards et les normes en vigueur, comme par exemple la Directive européenne Inspire (2007/2/CE du 14 mars 2007) pour les informations géographiques, ou le choix d’un référentiel taxonomique commun aux bases de données existants sur la biodiversité (INPN, GBIF, bases de collections).

La question de l’identification et de l’accessibilité des bases de données est également au cœur des préoccupations le l’UMS BBEES, en particulier pour ce qui concerne les bases inactives (les bases de données développées dans le cadre de programmes nationaux et stockées sur des ordinateurs personnels par exemple) et les bases en veille (bases de données accessibles, mais qui ne sont plus alimentées, ni exploitées). Des enquêtes sont et seront régulièrement menées auprès des directeurs d’unités de recherche, dans le but d’identifier l’ensemble des bases de données produites par les unités (inactives, en veille, en développement et actives), mais aussi pour anticiper et accompagner les demandes de développement de bases dans le cadre de programmes de recherche nationaux et internationaux.

L’UMS BBEES s’attache en outre à favoriser la diffusion des bases de données par leur administrateur, au travers d’un portail dédié, accessible à tous, monde de la recherche, pouvoirs publics comme citoyens : http://www.bdd-inee.cnrs.fr/. Ce site est un répertoire, réactualisé en permanence, permettant d’accéder à la localisation de plus d’une centaine de bases, corpus ou systèmes d’information, et de faciliter la mise en relation avec les chercheurs et les responsables de ces bases. C’est également un lieu d’échange, permettant le dialogue entre créateurs et utilisateurs.

L’UMS BBEES porte une attention particulière à l’application des règlementations concernant la propriété intellectuelle dans le domaine particulier des bases de données. Ainsi, elle ne facilite pas la diffusion de bases de données ne respectant pas la législation.

L’UMS BBEES assure également un rôle d’animation du réseau métier « Bases de données » créé le 29 mai 2012, en collaboration avec la Mission Ressources et Compétences Technologiques (MRCT) du CNRS, au travers de la forte implication de ses membres (comité de pilotage, animation groupe de travail). Ce réseau, aujourd’hui composé de 170 personnes de différentes origines institutionnelles (InEE et InSHS principalement, mais aussi Muséum, INRA, IRD, CIRAD, FRB etc.).