Isabelle Baly

Base de données sur les Acridiens, Orthoptères Acridomorpha de l’Afrique du Nord-Ouest

Partenaires :

• UMR 7205 ISYEB, Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (MNHN - CNRS - UPMC - Sorbonne Universités - EPHE)
• DSI du Muséum, Pôle d’applications scientifiques (MNHN)

Intervention :

• Aide au développement PHP, XML pour interroger la base de données.
• Aide à l’affichage cartographique

avec Alain LOUVEAUX entre janvier 2013 et février 2014.

Méthodologies pour l’étude de la provenance des matières colorantes préhistoriques

• ANR Color-Sources (2022-2025) dirigée par Matthieu LEBON (EC MNHN – UMR 7194)
• 11 partenaires

Coordination du WP 3.2 « Base de données » :

• Mise en place d’un système d’information permettant de stocker, réutiliser et diffuser les données relatives à l’exploitation des matières colorantes en respectant les principes FAIR.
• Encadrement d’un CDD IE de 18 mois.

Domestication expérimentale du sanglier (Sus scrofa): approche morpho-fonctionnelle et ontogénétique de la plasticité du squelette appendiculaire en contexte de captivité

• ANR Jeune chercheur DOMEXP (2013-2017) dirigée par Thomas CUCCHI (CR CNRS ; UMR 7209)
• 8 partenaires

Intervention :

Novembre 2014 – Octobre 2016

Co-responsable du WP5 « Database » avec Cécile CALLOU

• Encadrement de Flavie LAURENS contractuelle BBEES sur le projet.
• Réalisation d’un site web vitrine (Symfony) et d’une base de données (MySQL).
• Les données sont transférées (rédaction de script de migration) et stockées au Centre de Calcul de l’IN2P3 (CNRS).
• Toutes les données sont conservées (suivi vétérinaire des animaux actuels, données archéologiques, etc.), y compris les fichiers DICOM issus des scanners des sangliers (environ 20 To au total ou par sanglier).
• Un système de recherche permet l’exploitation de l’ensemble des données.
• Le système d’information n’est accessible qu’aux partenaires du projet (login et mot de passe permettant d’accéder à la partie intranet).

Biodiversité des sols en milieu tempéré

Partenaire :

• UMR 6553 ECOBIO, Ecosystèmes, Biodiversité, Evolution (CNRS - Université de Rennes 1)

Intervention :

Octobre 2015 - Février 2016

• Aide à la restructuration et à la modélisation de la base de données.

FIGULINES-Les céramiques post-palisséennes

• DIM MAP « Matériaux Anciens et Patrimoniaux », région Ile-de-France
• Responsable Françoise BARBE (conservatrice en chef du patrimoine au département des Objets d’art du musée du Louvre)
• 5 partenaires

Intervention :

Février 2019 - Octobre 2020

• Travail en collaboration avec Laetitia METREAU contractuelle Post-Doc
• Développement d’une base de données Access qui regroupe les informations de description, provenances, ventes, expositions et analyses des objets étudiés ainsi que les références bibliographiques en lien
• Un module de recherche a également été développé pour pouvoir extraire des informations à partir de plusieurs critères. Un dictionnaire de données et une nomenclature ont également été constitués, ils contiennent la définition de chaque champ et une aide pour remplir correctement les informations.

Suivi de population de Chimpanzés en Ouganda, Bonobo en République Démocratique du Congo et Gorilles en République Centre Africaine

Responsable du projet :

Sabrina KRIEF (MC MNHN ; UMR 7206)

Partenaires :

• UMR 7206, Eco-Anthropologie et Ethnobiologie (MNHN – CNRS – Université Paris Diderot))
• DSI du Muséum, Pôle d’applications scientifiques (MNHN)
• USR 6402 CC-IN2P3, Centre de calcul de l’Institut national de physique nucléaire et de physique des particules (CNRS)

Intervention :

2013-2017

• Définition des besoins et modélisation de la base de données
• Réalisation et déploiement d’une base de données PostgreSQL (env. 60 tables et env. 800 champs)
• Développement de templates et scripts PHP pour la migration des données antérieure à 2017 
• Co-réalisation avec l’unité partenaire d’un thesaurus scientifique de 2 000 mots hiérarchiquement organisés
• Partenariat avec l’équipe du pôle d’application scientifique de la DSI du Muséum pour la réalisation du cahier des charges de l’interface.

Inventaires archéozoologiques et archéobotaniques de France

• Responsable technique depuis 2008
• Administration de la base de données PostgreSQL (migration de la base de données sous Oracle, à l’origine développée dans Microsoft Access puis migration sous PostgreSQL en 2019)
• Création d’une interface web qui permet la saisie, l’administration et l’exploitation des données
• Encadrements de CDDs pour la saisie dans la base et de stagiaires informatiques sur l’amélioration de l’interface web.

Émergence et évolution des agro-écosystèmes anciens sur le plateau iranien et régions adjacentes : Biodiversité, impact et héritage

• ANR KHARMAN (2015-2017)

Coordinatrice, responsable archéozoologie : Marjan MASHKOUR (CR CNRS, UMR 7209)

Responsable archéobotanique : Margareta TENGBERG (Pr MNHN ; UMR 7209)

• 5 partenaires

Intervention :

2015-2017

• Réalisation d’un site web vitrine et d’une base de données sous PostgreSQL
• Encadrement d’une contractuelle Sarra FERJANI

Enregistrement des données d’échouage en France métropolitaine et ultramarine

Responsable :

Willy DABIN (IE CNRS - UAR 3462 PELAGIS)

Partenaires :

• UAR 3462 Observatoire PELAGIS, Systèmes d’Observation pour la Conservation des Mammifères et Oiseaux Marins
• USR 6402 CC-IN2P3, Centre de calcul de l’Institut national de physique nucléaire et de physique des particules (CNRS)

Intervention :

2012-2017

• Audit des bases de données existantes : base Access originale (20 tables) incluant 20 000 échouages, 18 000 prélèvements et 2 000 analyses
• Conception d’un nouveau Modèle Conceptuel de Données (30 tables) intégrant une gestion de la banque des prélèvements et échantillons, ainsi que l’ensemble de données d’analyses (polluants, isotopes, âge, statut reproducteur, etc.) ou de simulation (dérives inverses)
•  Définition d’un mode opératoire, de procédures et scripts pour la migration des données de la base Access vers le nouveau modèle sous MySQL (env. 4 000 lignes PHP)
• Déploiement et paramétrage d’une interface web (Framework Xataface) pour la gestion et l’interrogation de la base (env. 2 000 lignes PHP, env. 100 fichiers de configuration)
• Développement d’un module web en PHP pour l’intégration automatisée des données d’analyses.

Early history of the Opium Poppy in Europe and Southwestern Asia

• ANR JCJC POPPY (2022-2025) dirigée par Aurélie SALAVERT (MC MNHN – UMR 7209)
• 8 partenaires

Intervention :

• Co-responsable avec Cécile CALLOU de la tâche 1a Database
• Encadrement de Linda ANGULO LOPEZ, CDD de 6 mois
• Conception et implémentation de la base de données sous PostgreSQL
• Cahier des charges et implémentation du Système d’Information
• Aide à la Rédaction du Plan de Gestion de Données.

Translocations d’espèces végétales et animales en Europe et sur le pourtour méditerranéen

• BIODIVERSA Transloc (2022-2024) dirigé par François SARRAZIN - CESCO (Centre d’Ecologie et de Sciences de la Conservation, MNHN-CNRS-SU)
• 9 partenaires

Intervention :

• Co-responsable du WP 2 « TransLoc database: development, data collection and curating, FAIR dissemination »
• Encadrement d’un CDD de 12 mois
• Extension de la base données PostgreSQL existante
• Amélioration de l’interface web déjà développée lors du précédent projet Transloc.