Gene, Occurence and Taxa in Integrative Taxonomy (GOTIT)

Résumé du projet

Suivi des prélèvements d’amphipodes, isopodes, oligochètes et ostracodes effectués dans des stations de collectes, réparties dans le monde entier (World Asalidae Database) , à la fois pour la gestion des données d’occurrences et pour l’analyse moléculaire de ces espèces.

Conception et réalisation d’une base de données (PostGreSQL) et d’une application web (Symfony) pour :

  • optimiser les temps de saisies et de traitement des données
  • aider à la gestion des données d’occurrence, des échantillons issus des spécimens « recherche » (lames, tubes …)
  • connecter des données d’analyses de séquences et bibliographiques
  • rendre accessible, de valoriser et de sécuriser les données.

L'application web GOTIT est particulièrement adapté à la conception et au suivi de projets sur la biodiversité qui utilisent une approche taxonomique intégrée combinant des données d'occurrence d'espèces basées sur la morphologie et basées sur l'ADN pour expliquer les modèles de biodiversité.

En plus de la gestion de données d’occurrence d’espèces multicritères, GOTIT offre un certain nombre de fonctionnalités essentielles à l’optimisation de la recherche sur la biodiversité dans les laboratoires ;

  • la traçabilité des données nécessaire à la récupération de l’ensemble des méthodes et du matériel biologique liés aux données d’occurrence de taxons d’espèce produites par le laboratoire.
  • la prise en  compte des données d'occurrence d'espèce et de séquence d'ADN qui ne sont pas produites par le laboratoire, ce qui permet ainsi à tout utilisateur travaillant sur un ensemble particulier de taxons de disposer de toutes les données disponibles concernant ces taxons dans une seule base de données.
  • la gestion de droit d’accès qui permet le partage d'informations entre laboratoires tout en gérant les privilèges attribués à chaque utilisateur y compris ceux en dehors du laboratoire (mode « invité »)

Enfin, GOTIT est mis en œuvre et distribué en licence libre et OpenSource  (GPL3) , de sorte que l’outil puisse être adapté par des développeurs expérimentés pour répondre aux exigences spécifiques des laboratoires.

Nom du responsable du projet

Florian Malard

Lien de consultation

Site du projet GOTIT

Partenaires

  • UMR 5023 LEHNA, Laboratoire d’Ecologie des Hydrosystèmes Naturels Anthropisés, Equipe « Ecologie, Evolution, Ecosystèmes Souterrains » (CNRS - Université Claude Bernard-Lyon I)
  • USR 6402 CC-IN2P3, Centre de calcul de l’Institut national de physique nucléaire et de physique des particules (CNRS)

Programmes associés

  • DarCo Biodiversa+ Project: The vertical dimension of conservation: A cost-effective plan to incorporate subterranean ecosystems in post-2020 biodiversity and climate change agendas

Calendrier de réalisation

  • 2015 : Modèle de données V1.0
  • 2016 : Modèle de données V2.0. Définition de l’interface
  • Juin 2017 : V1.0 du modèle conceptuel et migration des jeux de données existants
  • Octobre 2018 : GOTIT 1.0 avec première version de l'interface web en mode production
  • Février 2019 : GOTIT 1.1 avec première version publiée
  • 2020 : mise à jour vers GOTIT v1.2
  • 2021 : mise à jour vers GOTIT v2.0
  • 2022 : mise à jour vers GOTIT v2.2 (Symfony5.4LTS + PHP8.1) & migration sur le nouveau cluster web du CCin2p3

Interventions de BBEES dans le projet

  • Définition des besoins et modélisation de la base de données
  • Réalisation et déploiement d'une base de données PostGreSQL
  • Définition et réalisation d'une interface web de gestion de bases de données
  • Développements d'outils métier pour l'insertion automatisée des jeux de données, la mise à jour par lots et la recherche et l'affichage sur les espèces taxonomiques ou moléculaires.
  • Publications logiciel (https://github.com/GOTIT-DEV/GOTIT/) et scientifique
  • Évolutions,  Mises à jours & déploiement au CCin2p3

Personnel BBEES impliqué dans le projet

Philippe Grison

Chloé Martin

Date de mise à jour de la fiche projet

9 Mai 2023

Publié le : 13/12/2022 16:38 - Mis à jour le : 02/04/2024 17:48