Observatoire PELAGIS-Echouages

Sommaire

Enregistrement des données d’échouage en France métropolitaine et ultramarine

Résumé du projet

L’Observatoire PELAGIS, Systèmes d’Observation pour la Conservation des Mammifères et Oiseaux Marins (UMS 3462), rassemblent les programmes d’observation et d’expertise sur la conservation des populations de mammifères et oiseaux marins ainsi que la gestion des bases de données associées.

Une des missions consiste à gérer et comprendre la nature des échouages des mammifères marins sur les côtes françaises de métropole et d’Outre-Mer (environ 1000 échouages/an).

Le RNE, Réseau National Echouages, mis en place en 1972, est le principal outil de suivi des échouages de mammifères marins. Il est constitué de correspondants locaux qui se tiennent prêts à intervenir lorsqu’un cas se présente.

Il est coordonné par l’Observatoire PELAGIS Le projet « Échouage » s’inscrit dans le cadre d’un objectif plus vaste de refonte et création du Système d’Information (SI) de l’observatoire PELAGIS qui permettra de rendre interopérable l’ensemble des données d'Échouages, de télémétries et d’observations.

Nom du responsable du projet

Willy Dabin

Lien de consultation

http://www.observatoire-pelagis.cnrs.fr/les-donnees/

Partenaires

UMS 3462 Observatoire PELAGIS, Systèmes d’Observation pour la Conservation des Mammifères et Oiseaux Marins
USR 6402 CC-IN2P3, Centre de calcul de l’Institut national de physique nucléaire et de physique des particules (CNRS)

Calendrier de réalisation

Juin–octobre 2012 : conception et modélisation de la base de données V1.0
Septembre-décembre 2012 : développement des scripts de migration •
Novembre-décembre 2012 : développement d’outils d’interrogation et de visualisation des données (histogrammes et cartographies)
2013 : migration des données, évolutions du modèle V1.x et réalisations des documentations associées
Janvier-juin 2013 : déploiement d’une interface web d’administration V1.0
2014-2016 : évolution de l’interface V1.x et V2.x. Évolution des outils d’interrogation et de visualisation.
2024 : développement d'une nouvelle interface basée sur le squelette inBORe pour la gestion des échouages. Évolution de la base de données pour prendre en compte (i) les nouveaux protocoles de dissection et d'études sanitaires (ii) les nouvelles données d'analyses des prélèvements. Conception et réalisation d'outils métiers : (i) gestion des échouages de masse (ii) intégration automatisée des prélèvements selon le protocole de dissection (iii) formulaires de recherche paramétrables avec export et formatage du résultat au format CSV.

Interventions de BBEES dans le projet

Refonte des bases de données et du système d’information de l’Observatoire PELAGIS (Annexe)
Audit des BDD existantes (ACCESS, EXCEL), base ACCESS originale (20 tables) incluant 20.000 échouages, 18.000 prélèvements et 2.000 analyses ;
Conception d’un nouveau Modèle Conceptuel de Données (MCD) de la BDD Échouage (30 tables) intégrant une gestion de la banque des prélèvements et échantillons, ainsi que l’ensemble de données d’analyses (polluants, isotope, âge, statut reproducteur, etc.) ou de simulation (dérives inverses) ;
Définition d’un mode opératoire, de procédures et scripts pour la migration des données de la base ACCESS vers le nouveau MCD d’une BDD MySQL (env. 4.000 lignes PHP) ;
Déploiements et paramétrage d’une interface web (Framework Xataface) pour la gestion et l’interrogation de la BDD Echouage (env. 2.000 lignes PHP, env. 100 fichiers de configuration) ;
Développement d’un module web en PHP pour l’intégration automatisée des données d’analyses ;
Développement d’un outil de visualisation des données : production d’histogrammes et cartes des échouages selon des critères multiples ; année, intervalle temporel, espèce, localisation, etc. (PHP, Jpgraph, Openlayer) ;
Aide et expertise pour la définition, l’hébergement et le déploiement de la BDD et de l’application Web côté serveur ;
Réalisation d’un cahier des charges pour la réalisation d’une « interface web RNE » permettant l’intégration « in situ » des données de terrain par les correspondants RNE via un téléphone par exemple ;
Déploiement et gestion du SI sur les infrastructures du CC-In2p3 ( M sous CentOS7, Apache, PHP/Java, MariaDB et PostgreSQL/PostGIS, Geoserver/Tomcat).

À noter qu'un contractuel de l'unité, Etienne Normand, a participé à ce projet.